Você precisa criar 2 arquivos em public_html do site onde suPHP está ativado. Um caminho especificando htaccess para configuração php.ini e um php.ini com as directivas.
Você pode alterar as configurações do php e carregar extensões de um php. ini central para todas as pastas do site.
Exemplo de conta “conta-name”. Certifique-se de atualizar esse conteúdo no htaccess:
.htaccess
suPHP_ConfigPath /home/[conta-name]/public_html
php.ini
register_globals = Off
Extension=PDO.so
Extension=pdo_sqlite.so
Extension=SQLite.so
Extension=pdo_mysql.so
Extension=GeoIP.so